Kościół mieści się w XVI-wiecznym Pałacu Kazanowskich przy Krakowskim Przedmieściu 62 i jest częścią Centrum Charytatywnego Caritas Archidiecezji Warszawskiej Res Sacra Miser – ubogi jest świętością. Obecność Kościoła w tym miejscu datuje się od roku 1663 kiedy to Tekla Lubomirska przekazała część pałacu Siostrom Karmelitankom. W latach 1696 – 1699 do klasztoru dobudowano Kościół, który przetrwał w niezmienionej formie do dziś. W 1819 roku władze carskie wypędziły karmelitanki a cały pałac przekazały Warszawskiemu Towarzystwu Dobroczynności. Pieczę nad Kościołem przejęły Siostry Szarytki. Wtedy to zamieszczono na frontonie budynku napis Res Sacra Miser. Pierwszymi podopiecznymi WTD byli żołnierze inwalidzi z kampanii napoleońskiej.

Podczas Powstania Warszawskiego świątynia została częściowo zniszczona. Odbudowę zakończono w 1949 roku. W 1955 roku wydano nakaz rozbiórki Kościoła ale wobec licznych protestów mieszkańców decyzja została cofnięta. Od roku 1979 w kaplicy tej pracował ks. Jerzy Popiełuszko jako duszpasterz pielęgniarek.

Jednonawowe wnętrze zdobi ołtarz główny, w którym znajduje się obraz Matki Bożej Częstochowskiej a okolicznościowo mogą być eksponowane inne obrazy. Kościół Niepokalanego Poczęcia NMP udziela gościny wspólnotom anglikańskiej, ormiańskiej i litewskiej.